قاعدة بيانات BacDive: المرجع العالمي للتنوع البكتيري والعتائق

تُعد BacDive (قاعدة بيانات التنوع البكتيري) أكبر قاعدة بيانات عالمية توفر معلومات معيارية على مستوى السلالات للبكتيريا والعتائق (Archaea). تهدف هذه المنصة الشاملة إلى توفير مورد تعليمي وبحثي يجمع بيانات متنوعة تشمل التصنيف، المورفولوجيا، الفسيولوجيا، وبيانات العينات والبيئة، بالإضافة إلى معلومات التسلسل الجيني.

محتويات قاعدة البيانات

تم إطلاق BacDive لأول مرة في أبريل 2012 بهدف توحيد وجعل بيانات سلالات المجموعات المزرعية والمؤلفات والمنشورات متاحة للجمهور. في إصدارها الأول، احتوت القاعدة على 89,758 إدخالاً لـ 18,157 سلالة، موزعة على 179 حقل بيانات مختلف.

ومع تطورها، وصلت قاعدة البيانات (حتى ديسمبر 2024) إلى أكثر من 1000 حقل بيانات مختلف، وتضم حالياً 2,709,516 إدخالاً لـ 99,392 سلالة، بما في ذلك 21,168 سلالة نمطية. يتم ربط كل إدخال بمرجع توثيقي، وتُقسم البيانات الخاصة بكل سلالة إلى الفئات التالية:

• الاسم والتصنيف التصنيفي: تحديد الهوية والتصنيف الدقيق.
• المورفولوجيا: الخصائص الشكلية للميكروب.
• ظروف الزراعة والنمو: المتطلبات البيئية للنمو.
• الفسيولوجيا والتمثيل الغذائي: العمليات الحيوية والكيميائية.
• العزل، أخذ العينات والمعلومات البيئية: مصدر السلالة ومكان عزلها.
• معلومات السلامة: المخاطر المحتملة والتعامل الآمن.
• معلومات التسلسل: البيانات الجينية المرتبطة.

ومنذ عام 2023، أضافت BacDive قسماً خاصاً بعنوان "التنبؤات القائمة على الجينوم"، والذي يوفر بيانات تنبؤية عالية الجودة تم إنتاجها باستخدام نماذج التعلم الآلي المدربة على بيانات BacDive المنسقة.

الوصول إلى البيانات

يمكن للمستخدمين الوصول إلى البيانات عبر ثلاث طرق رئيسية:

1. واجهة المستخدم الرسومية (GUI): توفر بحثاً بسيطاً مع خاصية الإكمال التلقائي للبحث عن السلالات بالاسم، أو رقم مجموعة الزراعة، أو معرف NCBI Tax ID، أو رقم وصول تسلسل INSDC. كما تتيح البحث المتقدم في 130 حقل بيانات لإجراء استعلامات معقدة، مع إمكانية تحميل البيانات بصيغة CSV.
2. خدمة الويب RESTful: تتيح الوصول الآلي إلى المحتوى (تتطلب تسجيلاً مجانياً)، مع توفر عملاء برمجيين بلغات Python و R لدعم استخدام واجهة برمجة التطبيقات (API).
3. نقطة نهاية SPARQL: للوصول المتقدم والمنظم للبيانات.

التكامل مع قواعد البيانات الأخرى

توفر BacDive روابط لقواعد بيانات أخرى لتكملة المعلومات التي تقع خارج نطاق تركيزها. تندرج BacDive ضمن بنية DSMZ Digital Diversity التي تشمل:

• BRENDA
• قائمة الأسماء بدائية النواة ذات المكانة في التسمية
• MediaDive
• SILVA
• Straininfo
• PhageDive

كما ترتبط بقواعد بيانات خارجية مثل EBI و ChEBI و NCBI و MicrobeAtlas.

الإدارة والاعتراف الدولي

تستضيف قاعدة البيانات معهد لايبنز DSMZ (المجموعة الألمانية للكائنات الدقيقة ومزارع الخلايا)، وهي جزء من البنية التحتية الرقمية للتنوع في DSMZ. كما أنها عضو في الشبكة الألمانية للبنية التحتية للمعلوماتية الحيوية (de.NBI) و ELIXIR. وفي عام 2022، صنفتها التحالف العالمي للبيانات الحيوية (Global Biodata Coalition) كمورد بيانات حيوية أساسي عالمي (GCBR)، وفي عام 2023 تم تسميتها كمورد بيانات أساسي لـ ELIXIR.